Dysbiose : comprendre le déséquilibre du microbiote intestinal

Ballonnements, digestion difficile, fatigue inexpliquée... Et si votre microbiote intestinal avait perdu son équilibre ? De plus en plus d'études montrent que nos bactéries intestinales jouent un rôle clé dans notre santé, bien au-delà de la simple digestion. Dans cet article, je vais expliquer clairement ce qu’est la dysbiose, comment elle se manifeste, et pourquoi il est essentiel de la repérer pour retrouver un terrain favorable à la santé intestinale et mentale.

Vous avez souvent le ventre gonflé ? Des douleurs abdominales inexpliquées, un transit capricieux ou des réactions digestives à certains aliments ? Ces signes pourraient indiquer un déséquilibre de votre microbiote intestinal, qu’on appelle dysbiose ou dysmicrobisme intestinal.

Commencer par écarter les causes médicales

Avant toute chose, il est important de consulter votre médecin ou un gastro-entérologue pour effectuer les examens nécessaires, surtout si on a plus de 40 ans avec ou sans antécédents (coloscopie, endoscopie, biopsie, etc.). L’objectif : s’assurer qu’aucune pathologie digestive n’est en cause.

Une fois cela écarté, il est pertinent d'explorer la piste d'une dysbiose. En naturopathie et en micronutrition, l’analyse des habitudes de vie est un premier levier d’investigation pour comprendre ce qui a pu déséquilibrer votre flore intestinale.

Qu’est-ce que la dysbiose ?

Notre intestin abrite des milliards de micro-organismes – bactéries, levures, virus – qui forment ce qu’on appelle le microbiote intestinal. Nous avons davantage de bactéries en nous que de cellules ! Cet écosystème, bien que discret, joue un rôle fondamental dans la digestion, l’immunité, et même l’équilibre émotionnel.

Une dysbiose correspond à un déséquilibre de la flore : certaines bactéries deviennent trop nombreuses, d'autres se raréfient, créant un terrain propice à des troubles digestifs, mais pas seulement.

Les conséquences ne sont pas négligeables, car la flore microbienne du tube digestif intervient à différents niveaux :

Au niveau métabolisme et nutrition :

• Synthèse de vitamines B (B12) et K.
• Action sur les sécrétions endogènes (acides biliaires, hormones stéroïdiennes, cholestérol, urée...)
• Action sur les nutriments (dégradation des glucides, hydrolyse des lipides, dégradation des protéines et des acides aminés aromatiques)
• Modifications physico-chimiques (variation de PH, abaissement du potentiel d'oxydo-réduction, production d'acides gras à courtes chaînes)

Au niveau physiologie et eutrophie intestinale :

la flore digestive a également des incidences en ce qui concerne :

• la modification de l'anatomie du tube digestif
• les modifications histologiques
• la modification du transit intestinal
• la modification énergétique cellulaire

La flore anaérobie stricte du côlon produit, elle, des acides gras à chaîne courte, en particulier l'acide butyrique, principale source de la muqueuse colique.

Au niveau des défenses anti-infectieuses :

La flore intestinale constitue un formidable élément de maturation du système lymphoïde intestinal et par là partie intégrante des défenses immunitaires de l'organisme. Elle oppose un véritable effet de barrière vis-à-vis des germes de l'environnement

Les causes les plus fréquentes du déséquilibre du microbiote :

• Excès de sucre, de protéines ou graisses animales
• Prise répétée d'antibiotiques, d’antiacides, d’aspirine…
• Stress chronique
• Pollution environnementale
• Activité physique très intense
• Alimentation déséquilibrée

Certes, certaines personnes peuvent avoir hérité d'un microbiote plus résistant que d'autres (c'est pour cela que je questionne mes clients notamment sur le contexte de leur naissance), mais ces facteurs peuvent fragiliser même les plus robustes si les mauvaises habitudes persistent depuis une longue période ou si les facteurs sont combinés.

Quels sont les types de dysbiose ?

Selon les bactéries impliquées, les signes peuvent varier. Voici les principaux profils :

Dysbiose de fermentation

Les symptômes de ce type de dérèglement sont :

• Gaz non odorants
• Ballonnements (surtout après des fibres)
• Transit perturbé (diarrhée/constipation)
• Douleur côté droit de l’abdomen

Dysbiose de putréfaction

Les symptômes liés à de ce type de dysbiose sont :

• Gaz et selles très odorants
• Ballonnements
• Fatigue hépatique
• Humeur irritable
• Douleur côté gauche du ventre

Candidose intestinale

Plus difficile à combattre (mais des protocoles naturels existent) la candidose va se manifester par :

• Ballonnements (accentués par les sucres)
• Envie irrépressible de sucre
• Fatigue, anxiété, déprime
• Allergies, mycoses, langue blanche, perlèche
• Immunité affaiblie

👉 À noter : ces signes ne sont pas toujours tous présents. Et plusieurs dysbioses peuvent coexister chez une même personne.

Pour confirmer une dysbiose, des analyses spécifiques existent (métabolites urinaires, acides gras à chaîne courte...). Vous pouvez en parler à votre médecin qui jugera de l'opportunité de faire ces recherches.

Et le SIBO, dans tout ça ?

Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) n’est pas à proprement parler une dysbiose, mais il touche aussi le microbiote. Il s’agit d’un excès de bactéries dans l’intestin grêle, là où elles ne devraient pas être aussi nombreuses.

Causes possibles :

• Faible acidité gastrique
• Fonction biliaire ou pancréatique affaiblie
• Problèmes de motricité intestinale
• Prise prolongée d’IPP (inhibiteurs de pompe à protons)

Signes typiques :

• Ballonnements douloureux, peu de temps après le repas (30 à 60 min)
• Intolérance aux aliments riches en FODMAPs (ail, oignon, pommes…)

Un test respiratoire ("breath-test") permet de poser le diagnostic, avant d'envisager une prise en charge ciblée avec votre praticien.

Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)

Dans certains cas, un terrain dysbiotique peut être lié à des pathologies comme :

• La Maladie de Crohn
• La Rectocolite hémorragique (RCH)

Ces pathologies peuvent entraîner :

• Malabsorption et carences (fer, magnésium, B9, B12…)
• Diarrhées, déshydratation
• Anémie inflammatoire
• Altération de la barrière intestinale

L’accompagnement naturopathique visera ici à soutenir :

✔️ La réduction de l’inflammation

✔️ La restauration de la muqueuse intestinale

✔️ Le rééquilibrage alimentaire (régime méditerranéen)

✔️ La gestion du stress et l’arrêt du tabac le cas échéant

Quand la dysbiose influence le terrain

Les conséquences de la dysbiose dépassent souvent les seuls troubles digestifs. Elle peut impacter notre "terrain", c’est-à-dire le milieu dans lequel baignent nos cellules. Ce terrain influence de nombreux processus physiologiques.

Exemples concrets :

SIBO et amaigrissement : les nutriments sont "dévoyés" par les bactéries de l’intestin grêle, créant des carences malgré une alimentation équilibrée.

Dysbiose de putréfaction et inflammation : certaines bactéries produisent des toxines (LPS) qui favorisent une inflammation de bas grade, liée à des troubles comme les douleurs articulaires, le surpoids, le diabète de type 2 ou encore des troubles neurologiques.

Flore déséquilibrée et perméabilité intestinale : une baisse des acides gras à chaîne courte fragilise la muqueuse intestinale, ce qui peut favoriser des intolérances alimentaires et des maladies auto-immunes.

Quelles solutions naturelles pour rééquilibrer la flore intestinale ?

Après un entretien rigoureux qui passera par une série de questions pour mieux comprendre de quel type de dysbiose souffre le client, je vais m'appliquer à déterminer les priorités d'intervention sur l'intestin. Il est probable qu'il conviendra d'abord de le "réparer" en essayant de refaire un mucus de qualité (le cocon douillet de la flore). Dans le même temps, si on a décelé des sensibilité alimentaires, il faudra écarter les aliments qui risquent de ruiner le travail de réparation. Ensuite seulement, ce sera intéressant de réinoculer des souches bactériennes en sélectionnant les familles avec soin. Enfin, en suivant les recommandations alimentaires et en apportant les bons nutriments, on va renforcer durablement la barrière intestinale et se donner toutes les chances de rebooster l'immunité naturelle.

Si je devais citer les principaux outils que nous avons, nous naturopathes, à notre disposition pour accompagner les personnes souffrant de dysbiose, je citerais les suivants :

Une alimentation ciblée pour rééquilibrer le microbiote :

Un programme adapté va s'appliquer à développer la variété de la flore intestinale en nourrissant les bonnes bactéries et en réduisant les facteurs qui les déséquilibrent.

• Fibres prébiotiques : ce sont des substances qui ne sont certes pas digérées par notre organisme mais qui servent de nourriture aux bactéries bénéfiques du microbiote. On va les intégrer à chaque repas en favorisant les fibres solubles des fruits, légumes, sans oublier celles des légumineuses (mais elles contiennent aussi des fibres insolubles et des FODMAP, ce qui explique qu’elles ne soient pas toujours bien tolérées en cas de dysbiose symptomatique).
• Aliments fermentés riches en probiotiques : en fonction des terrains, on va conseiller yaourts, kéfir, choucroute, kimchi, etc., qui introduisent des micro-organismes vivants bénéfiques dans l’intestin.
• Réduire les polluants et les aliments ultra-transformés et sucres ajoutés : à éviter au maximum, car ils favorisent les mauvaises fermentations et perturbent l’équilibre microbien.

Bien préparer les légumineuses

Phyto et aromathérapie 🌿 (plantes et tisanes)

On peut être amenés à recommander certaines plantes ayant des effets digestifs, anti-inflammatoires, antimicrobiens ou protecteurs de la muqueuse intestinale.

Parmi celles souvent utilisées :

• Fenouil, menthe poivrée, camomille, mélisse : apaisent les troubles digestifs, gaz et ballonnements.
• Curcuma / curcuma + poivre noir : réaliser le fameux "lait d'or" réputé anti-inflammatoire, qui contribue à protéger la muqueuse et à soutenir l’équilibre bactérien.
• Clou de girofle : il possède des propriétés antibactériennes et antifongiques.
  Cela signifie qu’il peut contribuer à réduire la prolifération de certains micro-organismes pathogènes (ex. E. coli, Candida) dans l’intestin, ce qui est précieux dans certaines dysbioses (notamment SIBO ou proliférations fongiques)
• Réglisse, mauve, estragon, thym, cumin : ils peuvent favoriser la digestion et le confort intestinal.

On recommandera parfois de prendre des tisanes digestives quotidiennes entre les repas. Il vaut mieux être équipé d'une bonne bouilloire !

En aromathérapie, on pourra avoir recours aux huiles essentielles de coriandre, de menthe poivrée, de carvi, de lavande vraie, d’origan, de thym, de clou de girofle qui sont également appréciées pour leurs qualités anti-bactériennes et anti-fongiques.

Probiotiques & Prébiotiques

On va plutôt conseiller une approche progressive en introduisant au bon moment des probiotiques ciblés avec certaines souches (comme Lactobacillus et Bifidobacterium) peuvent aider à restaurer l’équilibre de la flore et des prébiotiques doux (ne pas bouder les fruits riches en pectine) qui nourrissent les bactéries bénéfiques.

Toujours à introduire comme je le disais progressivement et dans le bon timing pour éviter la production de gaz excessifs.

Hygiène psycho-émotionnelle et hygiène de vie globale

L’équilibre intestinal ne se restaure pas qu'avec l’alimentation. Comme notre équilibre mental influence aussi notre microbiote, il sera utile de repérer s'il ne faut pas compléter l'accompagnement par :

• Gestion du stress et relaxation (sophrologie, respiration consciente), car la bonne stimulation du système nerveux autonome influence la qualité de la digestion.
• Activité physique régulière et sommeil de qualité. Eux aussi favorisent un microbiote plus divers et un système digestif plus résilient.

Synthèse des principaux outils naturels

Je recommande généralement une stratégie en plusieurs étapes :

• Réparer et réduire les facteurs perturbants (sucre, ultra transformés).
• Soutenir la variété du microbiote avec des probiotiques et prébiotiques alimentaires ou en complément selon cas.
• Utiliser des plantes adaptées pour calmer, mieux digérer et équilibrer le milieu intestinal.
• Adopter une bonne hygiène de vie (stress, sommeil, activité physique) favorable à la restauration de l’équilibre intestinal.

En conclusion : « Toute maladie commence dans l’intestin » ?

Hippocrate l’évoquait déjà il y a plus de 2 000 ans. Si cette affirmation mérite d’être nuancée, les recherches récentes sur le microbiote confirment qu’il joue un rôle central dans notre santé globale (physique et mentale).

En rendez-vous naturopathique, repérer une dysbiose, et en identifier les causes, permet d’intervenir à la racine des troubles. Et surtout, sachez qu'il est possible d’agir pour contribuer à restaurer et préserver un microbiote sain : une alimentation variée, une bonne gestion du stress, de l’activité physique adaptée (avec des pratiques mixant intensité et activités douces) et une meilleure hygiène de vie sont autant de piliers pour soutenir votre flore intestinale et votre bien-être, durablement.

Crédits photos : Nemer-t, Canva.