Dysbiose : comprendre le déséquilibre du microbiote intestinal

Ballonnements, digestion difficile, fatigue inexpliquée... Et si votre microbiote intestinal avait perdu son équilibre ? De plus en plus d'études montrent que nos bactéries intestinales jouent un rôle clé dans notre santé, bien au-delà de la simple digestion. Dans cet article, je vous propose de mieux comprendre ce qu’est la dysbiose, comment elle se manifeste, et pourquoi il est essentiel de la repérer pour retrouver un terrain favorable à la santé.

Vous avez souvent le ventre gonflé ? Des douleurs abdominales inexpliquées, un transit capricieux ou des réactions digestives à certains aliments ? Ces signes pourraient indiquer un déséquilibre de votre microbiote intestinal, qu’on appelle dysbiose.

Commencer par écarter les causes médicales

Avant toute chose, il est important de consulter votre médecin ou un gastro-entérologue pour effectuer les examens nécessaires (coloscopie, endoscopie, biopsie, etc.). L’objectif : s’assurer qu’aucune pathologie digestive n’est en cause.

Une fois cela écarté, il est pertinent d'explorer la piste d'une dysbiose. En naturopathie et en micronutrition, l’analyse des habitudes de vie est un premier levier d’investigation pour comprendre ce qui a pu déséquilibrer votre flore intestinale.

Qu’est-ce que la dysbiose ?

Notre intestin abrite des milliards de micro-organismes – bactéries, levures, virus – qui forment ce qu’on appelle le microbiote intestinal. Cet écosystème, bien que discret, joue un rôle fondamental dans la digestion, l’immunité, et même l’équilibre émotionnel.

Une dysbiose correspond à un déséquilibre de cette flore : certaines bactéries deviennent trop nombreuses, d'autres se raréfient, créant un terrain propice à des troubles digestifs, mais pas seulement.

Les causes les plus fréquentes :

• Excès de sucre, de protéines ou graisses animales
• Prise répétée d'antibiotiques, d’antiacides, d’aspirine…
• Stress chronique
• Pollution environnementale
• Activité physique très intense
• Alimentation déséquilibrée

Certaines personnes ont un microbiote plus résistant que d'autres, mais ces facteurs peuvent fragiliser même les plus robustes.

Quels sont les types de dysbiose ?

Selon les bactéries impliquées, les signes peuvent varier. Voici les principaux profils :

Dysbiose de fermentation

• Ballonnements (surtout après des fibres)
• Gaz non odorants
• Transit perturbé (diarrhée/constipation)
• Douleur côté droit de l’abdomen

Dysbiose de putréfaction

• Gaz et selles très odorants
• Ballonnements
• Fatigue hépatique
• Humeur irritable
• Douleur côté gauche du ventre

Candidose intestinale

• Ballonnements (accentués par les sucres)
• Envie irrépressible de sucre
• Fatigue, anxiété, déprime
• Allergies, mycoses, langue blanche, perlèche
• Immunité affaiblie

👉 À noter : ces signes ne sont pas toujours tous présents. Et plusieurs dysbioses peuvent coexister chez une même personne.

Pour confirmer une dysbiose, des analyses spécifiques existent (métabolites urinaires, acides gras à chaîne courte...). Vous pouvez en parler à votre médecin qui jugera de l'opportunité de faire ces recherches.

Et le SIBO, dans tout ça ?

Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) n’est pas à proprement parler une dysbiose, mais il touche aussi le microbiote. Il s’agit d’un excès de bactéries dans l’intestin grêle, là où elles ne devraient pas être aussi nombreuses.

Causes possibles :

• Faible acidité gastrique
• Fonction biliaire ou pancréatique affaiblie
• Problèmes de motricité intestinale
• Prise prolongée d’IPP (inhibiteurs de pompe à protons)

Signes typiques :

• Ballonnements douloureux, peu de temps après le repas (30 à 60 min)
• Intolérance aux aliments riches en FODMAPs (ail, oignon, pommes…)

Un test respiratoire ("breath-test") permet de poser le diagnostic, avant d'envisager une prise en charge ciblée avec votre praticien.

Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)

Dans certains cas, un terrain dysbiotique peut être lié à des pathologies comme :

• La Maladie de Crohn
• La Rectocolite hémorragique (RCH)

Ces pathologies peuvent entraîner :

• Malabsorption et carences (fer, magnésium, B9, B12…)
• Diarrhées, déshydratation
• Anémie inflammatoire
• Altération de la barrière intestinale

L’accompagnement naturopathique visera ici à soutenir :

✔️ La réduction de l’inflammation

✔️ La restauration de la muqueuse intestinale

✔️ Le rééquilibrage alimentaire (régime méditerranéen)

✔️ La gestion du stress et l’arrêt du tabac le cas échéant

Quand la dysbiose influence le terrain

Les conséquences de la dysbiose dépassent souvent les seuls troubles digestifs. Elle peut impacter notre "terrain", c’est-à-dire le milieu dans lequel baignent nos cellules. Ce terrain influence de nombreux processus physiologiques.

Exemples concrets :

SIBO et amaigrissement : les nutriments sont "dévoyés" par les bactéries de l’intestin grêle, créant des carences malgré une alimentation équilibrée.

Dysbiose de putréfaction et inflammation : certaines bactéries produisent des toxines (LPS) qui favorisent une inflammation de bas grade, liée à des troubles comme les douleurs articulaires, le surpoids, le diabète de type 2 ou encore des troubles neurologiques.

Flore déséquilibrée et perméabilité intestinale : une baisse des acides gras à chaîne courte fragilise la muqueuse intestinale, ce qui peut favoriser des intolérances alimentaires et des maladies auto-immunes.

En conclusion : « Toute maladie commence dans l’intestin » ?

Hippocrate l’évoquait déjà il y a plus de 2 000 ans. Si cette affirmation mérite d’être nuancée, les recherches récentes sur le microbiote confirment qu’il joue un rôle central dans notre santé globale.

En consultation naturopathique, repérer les signes de dysbiose permet d’intervenir à la racine des troubles. Et surtout, il est possible d’agir en amont pour préserver un microbiote sain : une alimentation variée, la gestion du stress, l’activité physique modérée et une hygiène de vie adaptée sont autant de piliers pour soutenir votre flore intestinale et votre bien-être.

Crédits photos : Nemer-t, Canva.